Vào mùa hè năm 1655, các lực lượng chung của Russo-Cossack đã tiếp cận gần pháo đài, nhưng họ đã không cố gắng chiếm được nó. Thay vào đó, cuối năm đó khi Jan II Zamoyski quyết định hỗ trợ Vua John II Casimir của Ba Lan, Zamość bị quân Thụy Điển bao vây (xem: The Deluge (lịch sử Ba Lan)), quân đội xuất hiện tại cổng của thành trì vào ngày 25 tháng 2 năm 1656. Sau vài ngày, vua Charles X Gustav đã gia nhập lực lượng.

Trong giai đoạn cuối của cuộc chiến, Zamość là nhà tù dành cho các sĩ quan cao cấp của Quân đội Thụy Điển. Trong số những người bị giữ ở đó, có Nguyên soái Arvid Wittenberg, người đã chết trong tù.